PSSI resmi menetapkan jadwal pelaksanaan Liga Nusantara musim 2025/26 yang akan kick off pada 1 Desember 2025 dan berakhir pada 14 Februari 2026. Kepastian tersebut tertuang dalam surat bernomor 1661/LI-COR/X/2025 yang ditujukan kepada seluruh manajemen klub peserta kompetisi kasta ketiga nasional itu.
Surat tersebut merupakan tindak lanjut dari keputusan format pelaksanaan kompetisi Liga 3 musim 2024/25 yang disahkan pada 30 September 2024. Dalam surat pemberitahuan itu, PSSI menjelaskan detail teknis dan sistem kompetisi yang akan dijalankan musim ini.
Liga Nusantara 2025/26 akan diikuti 24 klub yang dibagi ke dalam empat grup, masing-masing berisi enam tim. Seluruh pertandingan pada babak pendahuluan akan menggunakan format sentralisasi dengan sistem triple round robin.
Dari setiap grup, hanya satu tim terbaik yang berhak melaju ke babak semifinal. Peringkat 2 hingga 5 akan tetap bertahan di Liga Nusantara untuk musim 2026/27, sementara peringkat 6 di masing-masing grup akan terdegradasi ke Liga 4.
Total akan ada 186 pertandingan yang tersaji sepanjang kompetisi, terdiri dari 180 laga babak pendahuluan, 4 laga semifinal, dan 2 laga final. Tiga tim terbaik di akhir musim akan mendapat tiket promosi ke Championship 2026/27, sedangkan empat tim terbawah harus rela turun kasta ke Liga 4.